基于CRISPR/Cas13a技术检测乙型肝炎病毒DNA方法的建立和评价莫胤康 范子豪 田原 徐玲 曹亚玲 任锋
中华检验医学杂志2025年 48卷 04期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20241027-00586
目的
构建基于重组酶介导等温扩增技术(RAA)-规律成簇的间隔短回文重复序列及其相关蛋白13a(CRISPR-Cas13a)检测乙型肝炎病毒(HBV)DNA的方法。
方法
通过比对、筛选HBV DNA序列构建阳性质粒,设计RAA引物和CRISPR RNA(crRNA),建立基于RAA-CRISPR-Cas13a技术检测HBV DNA的方法,同时对该方法进行特异性和灵敏度评价。通过CRISPR-Cas13a对2019—2021年附属北京佑安医院收集的70例不同病毒载量HBV DNA阳性患者样本进行检测,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)进行比较。
结果
先通过RAA-CRISPR-Cas13a方法筛选出最优的RAA扩增引物和crRNA,检测HBV DNA标准品的灵敏度可达1 IU/ml,临床样本的灵敏度可达<10 IU/ml,且对HBV DNA 检测具有特异性。与qPCR检测(金标准)相比,2种检测方法的检出一致性为100%(70/70)。
结论
该研究将RAA 扩增技术结合CRISPR/Cas13a技术,建立了一种检测HBV DNA的方法。
慢性乙型肝炎患者HBV DNA水平与外周血淋巴细胞亚群及IL-6的相关性分析李沛然 卞成蓉 李波 张鞠玲 杨宁 洪玮 何秀玲 夏利芳 何叶莉 李伯安
中华检验医学杂志2025年 48卷 04期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20241030-00597
目的
探讨慢性乙型肝炎患者不同乙型肝炎病毒(HBV)DNA载量与外周血淋巴细胞亚群及白细胞介素-6(IL-6)的相关性。
方法
横断面研究。纳入解放军总医院第五医学中心2019年4月至2024年6月收治的519例慢性乙型肝炎患者,根据HBV DNA载量分为高、中、低病毒载量组及阴性组,另取同期100名健康体检者作为对照组,比较各组患者外周血淋巴细胞亚群数量与IL-6水平情况。同时,记录并比较各组患者的丙氨酸氨基转移酶(ALT)水平。采用Pearson法分析HBV DNA与淋巴细胞亚群及IL-6的相关性。
结果
HBV DNA载量与分化群3(CD3+)、CD4+、CD8+、CD19+、CD56+各淋巴细胞亚群数量呈负相关(r值分别为-0.483、-0.508、-0.524、-0.573、-0.561,P均<0.001);与IL-6水平呈正相关(r=0.862,P<0.05);高、中、低病毒载量组与对照组的各个淋巴细胞亚群数量相比,差异均有统计学意义(P<0.05);病毒载量阴性组的慢性乙型肝炎患者CD8+、CD19+淋巴细胞亚群数量[712.32(526.00,898.64)和495.62(345.74,645.50)个/μl]多于对照组[612.10(479.89,744.31)和470.32(396.00,544.64)个/μl],差异有统计学意义(P<0.05)。
结论
慢性乙型肝炎患者HBV病毒复制活跃程度与机体的免疫状态相关,与各淋巴细胞亚群数量呈负相关,与IL-6水平呈正相关。
MALDI-TOF MS结合机器学习快速鉴定产超广谱β内酰胺酶CTX-M型大肠埃希菌董溶溶 王艺霏 国新华 王佳音 王浩 冀旭峰 周琪 许建成
中华检验医学杂志2025年 48卷 04期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20241009-00550
目的
建立一种基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)结合机器学习快速鉴定不同基因型产超广谱β内酰胺酶(ESBL)大肠埃希菌的方法。
方法
纳入2018年8月至2022年12月吉林大学第一医院临床实验室分离的158株大肠埃希菌。利用聚合酶链反应检测CTX-M-1、CTX-M-8、CTX-M-9和SHV基因。使用(E)-丙基α-氰基-4-羟基肉桂酸酯(CHCA-C3)混合基质,利用MALDI-TOF MS技术获取菌株质谱数据。构建随机森林(RF)、逻辑回归(LR)和支持向量机(SVM)模型,以准确性、敏感度、特异度和受试者工作者曲线下面积(AUC)评估模型性能,将模型中敏感度和特异度均>80%的质谱峰确认为特征峰。选取产ESBL大肠埃希菌临床分离菌,以传统CHCA为基质,采用MALDI-TOF MS对菌株进行分析,以验证CHCA-C3混合基质的性能。
结果
158株大肠埃希菌中91株产ESBL,均为CTX-M型。各基因型模型的AUC值为:CTX-M-1型AUCLR=0.98、AUCRF=1.00、AUCSVM=0.73;CTX-M-9型AUCLR=0.93、AUCRF=0.99、AUCSVM=0.76;CTX-M-8型3个模型的AUC值均达到1.00,各基因型模型的准确度、特异度和敏感度均显示出良好的分类性能。各基因型特征峰分别为:CTX-M-1型m/z 6 390;CTX-M-8型m/z 5 224、m/z 5 393和m/z 9 021;CTX-M-9型m/z 5 161和m/z 5 273。在使用传统CHCA基质进行MALDI-TOF MS分析的过程中,仅检测到CTX-M-8型特征峰m/z 9 021,而未能检测到CTX-M-1型和CTX-M-9型特征峰。
结论
使用CHCA-C3混合基质,利用MALDI-TOF MS技术与机器学习相结合,可快速准确鉴定产ESBL大肠埃希菌,为临床合理治疗和院内感染控制提供依据。
人类免疫缺陷病毒合并巨细胞病毒感染疾病谱及实验室特征陈媛 李昀晖 梁静 王丽 朱仁龙 马嘉悦 王雅杰
中华检验医学杂志2025年 48卷 04期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20240928-00537
目的
探讨人类免疫缺陷病毒(HIV)合并巨细胞病毒(CMV)感染流行情况、疾病谱及实验室特征。
方法
横断面研究。收集2023年北京地坛医院544例接受CMV-DNA检测HIV/获得性免疫缺陷综合征(AIDS)患者的临床资料。根据是否合并CMV感染分为CMV感染组(126例)和非CMV感染组(418例)。分析CMV感染现患率;采用单因素及多因素Logistic回归分析HIV/AIDS患者合并CMV感染的危险因素;分析CMV感染组的疾病谱构成、实验室特征、血清CMV-DNA载量变化及治疗预后与转归。采用 SPSS 27.0进行统计学分析,统计学方法采用χ2检验、Mann-Whitney U检验和Kruskal-Wallis H检验。
结果
HIV/AIDS患者中CMV感染率为23.16%(126/544)。多因素分析显示低CD4+T淋巴细胞计数[<50个/μl,OR=27.962,95%可信区间(CI)11.957~65.389]、高HIV RNA载量(>1×105拷贝/ml,OR=2.057,95%CI 1.237~3.420)是HIV/AIDS患者合并CMV感染的独立危险因素。在126例HIV合并CMV感染中,CMV病毒血症最常见38.10%(48/126),其次是CMV肺炎33.33%(42/126)和巨细胞病毒视网膜炎11.90%(15/126),主要发生在CD4+T淋巴细胞<50个/μl的患者中。在接受抗CMV治疗的患者中,80.70%(46/57)的患者CMV-DNA载量较基线水平下降;仅启动抗逆转录病毒治疗的患者中,29.82%(17/57)的患者CMV-DNA载量较基线水平下降。最终,80.16%(101/126)的患者预后良好。
结论
HIV/AIDS患者CMV感染率高。HIV合并CMV感染的疾病谱以CMV病毒血症和CMV肺炎为主,及时的抗CMV治疗对降低CMV-DNA载量、改善患者预后至关重要。
乙型肝炎病毒的血清学实验室特征分析刘丽薇 吴丽娜 秦晓松
中华检验医学杂志2025年 48卷 04期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20241028-00591
目的
通过对中国医科大学附属盛京医院近5年就诊人群乙型肝炎病毒(HBV)血清学标志物检测结果的分析,明确该院HBV感染的流行情况及特征。
方法
横断面研究。纳入2019年1月1日至2023年12月31日就诊于中国医科大学附属盛京医院并进行HBV血清学标志物检测的1 017 030例患者作为研究对象。纳入病例分为14个辽宁户籍来源地区:沈阳(345 346例)、大连(13 219例)、鞍山(38 536例)、抚顺(40 067例)、本溪(28 883例)、丹东(34 284例)、锦州(35 827例)、营口(40 573例)、阜新(30 675例)、辽阳(26 282例)、盘锦(21 008例)、铁岭(74 632例)、朝阳(43 858例)和葫芦岛(20 949例)。根据年龄,将纳入病例分为7组:0~10岁(162 457例)、11~20岁(33 657例)、21~30岁(129 791例)、31~40岁(235 378例)、41~50岁(124 925例)、51~60岁(143 361例)和≥61岁(187 461例)。根据疫苗接种政策实施的不同时间节点,将1992年1月1日至2023年12月31日出生的病例分为3组:1992年1月1日至2001年12月31日组(94 194例),2002年1月1日至2005年5月31日组(70 428例)和2005年6月1日至2023年12月31日组(87 057例)。收集纳入病例的一般资料及HBV血清学标志物检测结果进行统计分析。组间率的比较采用χ2检验,趋势检验采用Cochran Armitage检验。
结果
患者血清乙型肝炎表面抗原(HBsAg)、乙型肝炎表面抗体(HBsAb)、乙型肝炎e抗原(HbeAg)、乙型肝炎e抗体(HBeAb)、乙型肝炎核心抗体(HBcAb)的总阳性率分别为6.68%(67 938/1 017 030)、51.69%(485 627/939 498)、2.37%(21 961/926 626)、15.00%(138 853/925 759)、27.86%(257 344/923 703)。按照性别分组,男性HBV血清学标志物总阳性率均高于女性,差异有统计学意义(HBsAg:χ2=5 599.286,P<0.001;HBsAb:χ2=5.065,P=0.024;HBeAg:χ2=2 451.420,P<0.001;HBeAb:χ2=1 066.145,P<0.001;HBcAb:χ2=4 013.618,P<0.001)。按照年龄分组,HBsAg阳性率高峰主要集中在41~50岁年龄组,阳性率为10.48%(2 864/27 324)。HBsAb阳性率随年龄增长呈下降趋势,0~10岁年龄组最高,11~20岁年龄组开始下降(Z=18 915.453,P<0.001)。HBcAb阳性率则随年龄增长呈上升趋势(Z=27 493.853,P<0.001)。按照地区分组,沈阳市HBsAg和 HbeAg阳性率分别为5.01%(3 996/76 974)和1.45%(944/69 117)。辽阳市来源患者HBsAb阳性率最高,为55.89%(3 362/6 150)。HBeAb和HBcAb阳性率最高的均为丹东市来源患者,分别为19.90%(1 581/8 671)和37.37%(3 119/8 680)。按照疫苗接种政策实施的不同时间节点,2005年6月1日至2023年12月31日出生的病例与此时间节点前出生的病例相比,HBsAg阳性率下降至0.30%(259/87 057)(χ2=5 777.47,P<0.001)。
结论
HBV血清学实验室特征分析显示具有传染性的HBV血清学标志物阳性率仍较高,男性高于女性,HBsAb水平在11~20岁组下降,提示需强化该年龄段乙型肝炎预防。乙型肝炎流行情况存在地区差异,提示优化和改进HBV防治策略十分必要。
肺内结核与肺外结核患者103例结核分枝杆菌基因组特征分析张建聪 吴驰 赖文杰 陈珊 徐鹏 曲久鑫
中华检验医学杂志2025年 48卷 04期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20241104-00604
目的
探讨不同类型结核病中结核分枝杆菌(MTB)的遗传多样性及其与临床特征的关系。
方法
横断面研究。纳入了2015—2018年深圳市第三人民医院103例结核病患者(单纯型肺结核组38例、结核性胸膜炎组43例、肺内合并肺外结核组22例),采集不同患者成对菌株(肺部与胸腔积液/肺外组织)。利用全基因组测序技术(WGS)预测菌株耐药性,计算核苷酸多样性(π值)及筛选差异基因,采用配对t检验和χ2检验进行统计分析,比较各组的临床及细菌学特征、菌株遗传多样性差异。
结果
单纯型肺结核组的复治率(71.7%,27/38)、空洞发生率(70.4%,19/27)及耐多药/耐利福平(60.5%,23/38)比例高于结核性胸膜炎组(复治率11.9%,5/42;空洞发生率11.9%,5/42;耐多药/耐利福平率16.3%,7/43)和肺内合并肺外结核组(复治率9.1%,2/22;空洞发生率18.2%,4/22;耐多药/耐利福平13.6%,3/22)(均P<0.05)。肺部[(5.94±3.93)×10-5]、胸腔积液[(6.22±3.51)×10-5]及肺外组织[(5.83±3.54)×10-5]的MTB菌株基因组整体π值差异均无统计学意义(H=0.10,P=0.94)。基因多样性差异分析显示,结核性胸膜炎组和肺内合并肺外结核组中,与呼吸作用及中间代谢相关的π值变化基因占比最高[结核性胸膜炎组32.4%(11/34),肺内合并肺外结核组31.4%(32/102)],而在单纯型肺结核组,细胞壁相关基因占比最高(6/14)。同一患者不同部位菌株的耐药性及突变谱完全一致。
结论
通过WGS揭示了不同类型结核病患者中MTB的遗传多样性。肺内与肺外环境的差异可能促使菌株在呼吸代谢、细胞壁结构和毒力相关基因上产生适应性变化以维持生存,整体基因组稳定性较高。
呼吸道病原体靶向高通量测序本地化检测及其性能确认杨浩 邹义春 张盈 朱中梁 柯俊 王镀津 陈美周 段昆
中华检验医学杂志2025年 48卷 04期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20250301-00122
目的
建立呼吸道病原体靶向高通量测序(tNGS)的性能确认方法,并对本地化开展呼吸道病原体靶向高通量测序检测项目的性能进行评估。
方法
横断面研究。收集2023年12月至2024年1月黄石市中心医院收治的14例重症肺部感染患者,取肺泡灌洗液样本(7份)进行培养、荧光聚合酶链反应(PCR)及tNGS检测,痰液样本(2份)进行痰培养、荧光PCR及tNGS检测,咽拭子样本(5份)进行荧光PCR-毛细管电泳法检测及tNGS检测。以甲型流感病毒、腺病毒 C 组、肺炎克雷伯菌、烟曲霉、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、近平滑念珠菌及白念珠菌作为代表性物种制备参考样品,以不同浓度的Jurkat细胞作为人源细胞,以荧光PCR-毛细管电泳法、培养法等传统检测方法作为参比方法,通过评估宏基因组二代测序检测病原体的检出限、精密度、人源细胞影响、稳定性、交叉反应和准确度来评价 tNGS 检测性能。
结果
肺炎克雷伯菌、人腺病毒C组和甲型流感病毒检出限为2×102拷贝/ml,烟曲霉、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、近平滑念珠菌、白念珠菌检出限为4×102拷贝/ml。参考样品中所有病原体重复检测结果符合率均为100%。Jurkat细胞浓度达到1×106细胞/ml时,甲型流感病毒、腺病毒 C 组、肺炎克雷伯菌、烟曲霉均能检出。将样本在4 ℃和‒20 ℃分别保存1、4、7 d之后,病原体序列数无明显变化。金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、近平滑念珠菌及白念珠菌的浓度比分别为(5∶1∶1∶5)、(1∶5:5∶1)、(1∶1∶1∶1)时,近缘物种微生物检出率为3/3,整体准确度为18/19。
结论
以传统检测方法为参比方法进行比对,tNGS灵敏度高、阳性符合率高,在呼吸道病原体的检测中具有重要临床价值。