基于解旋酶等温扩增技术的新型冠状病毒核酸可视化检测方法的建立陈慧 杨阳 孙宁 高德玉 陈芳芳 李晓军
中华检验医学杂志2021年 44卷 05期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20201015-00773
目的
运用逆转录解旋酶等温扩增(RT-tHDA)和侧流层析技术,建立新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测新方法。
方法
收集2020年1至4月东部战区总医院基础医学实验室共143份2019-nCoV PCR阴性核酸标本和20份PCR阳性核酸标本。针对2019-nCoV N基因和E基因保守区序列各设计5对引物,扩增产物进行凝胶电泳分析,筛选出RT-tHDA最佳引物。分别扩增高浓度(5×105 拷贝/ml)、低浓度(5×102拷贝/ml)模拟标本,利用侧流层析试纸条(LFD)检测RT-tHDA扩增产物,使结果可视化。优化显色和扩增时间,建立tHDA-LFD最佳反应体系。该方法检测各低、中、高3种浓度的模拟标本15次,以阳性符合率来评估方法学精密度。制备模拟标本评价方法学检测限。分别检测甲型流感病毒、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、副流感病毒、冠状病毒229E,评价tHDA-LFD法的交叉反应性。采用tHDA-LFD法检测本实验室收集保存的163份标本,进行临床诊断效能评价。
结果
采用一步法RT-tHDA结合LFD,建立扩增时间为60 min的2019-nCoV核酸检测方法。该方法检测3种浓度的模拟标本,阳性符合率为100%,精密度和重复性较好,且与其他6种呼吸道病原体均未出现交叉反应。该方法检测N基因、E基因的最低检测限均为5×102 拷贝/ml。诊断效能评价结果显示,该法敏感度为95.00%(19/20),特异度为100.00%(143/143),阳性预测值为100.00%(19/19),阴性预测值为99.31%(143/144)。和金标准qPCR法相比,两种方法的Kappa值为0.971(P<0.000 1),一致性较好。
结论
本研究成功建立了基于tHDA-LFD法的2019-nCoV可视化检测方法。
新型冠状病毒核酸混采对检测结果的影响闫颖 常乐 姬慧敏 宋诗 肖瑛子 卢卓群 王露楠
中华检验医学杂志2021年 44卷 05期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20201120-00845
目的
评估新型冠状病毒(2019-nCoV)样本混采对提取、扩增步骤的影响。
方法
取10只阴性咽拭子储存在6 ml病毒保存液中,充分混匀后1∶2、1∶10稀释,加入灭活2019-nCoV病毒培养液,以模拟10混1、5混1和单人份检测。使用a、b、c 3种提取方式和体系不同的核酸提取试剂及A~E 5种模板上样量和检测灵敏度不同的扩增试剂分别进行提取和扩增。
结果
对于相同的模拟混采样本,a提取的模板比b、c提取的模板检测循环阈值(Ct)分别提前2.10±0.47和3.46±0.62;扩增相同的混采核酸模板,A试剂的N基因Ct值比B试剂提前1.16±0.48,ORF1ab基因Ct提前2.36±0.54。扩增体系中加入10拭子核酸使A试剂检测Ct值滞后1.36±0.32,对B试剂无影响。使用a试剂提取,10混1混采后,C、D、E试剂的扩增Ct值比检测单拭子样本高1.66±0.39。对于400拷贝/ml的10混1样本,C、E试剂均可检出,D试剂的N基因漏检。
结论
混采引入的大量人基因组DNA干扰提取和扩增效率。在加大样本提取体积、提高提取试剂性能的同时,应选择大模板量上样、检测灵敏度高的扩增试剂,方可提高系统灵敏度和结果稳定性,大大降低漏检风险。
乳腺癌多通路基因检测及突变情况分析刘芃菲 卓钟灵 刘畅 陈彦丽 杨子瑶 赵晓涛
中华检验医学杂志2021年 44卷 05期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20201211-00896
目的
研究中国女性乳腺癌患者多通路胚系基因突变分布及其与临床病理特征的相关性,丰富中国人群乳腺癌胚系基因突变数据库,为乳腺癌靶向药的应用提供实验室依据。
方法
收集2017年1月至2019年7月北京大学人民医院乳腺外科经病理诊断确诊的148例乳腺癌女性患者的全血样本,发病年龄24~80岁。应用二代测序技术检测患者HR、MMR、BER、KDR通路相关基因的胚系突变情况,进行致病性判读,筛选出致病、可能致病和致病意义未明的突变,分析患者发病年龄、luminal分型、肿瘤大小、肿瘤转移情况、家族史等临床病理特征,采用χ2 检验和Fisher 确切概率检验研究不同通路基因突变与临床病理特征的相关性。
结果
148例乳腺癌患者中,69例携带HR通路基因突变(包括致病、可能致病、致病意义不明3类突变),16例携带MMR通路基因突变,6例携带BER通路基因突变,8例携带KDR通路基因突变。HR通路的ATM基因突变与乳腺癌luminal分型呈相关性趋势(P=0.059),突变倾向于发生在HER2过表达型乳腺癌患者中。MMR通路的PMS2突变与肿瘤大小呈相关性趋势(P=0.060),突变倾向于发生在肿瘤直径>50 mm的患者中。KDR基因突变与乳腺癌luminal分型和家族史具有相关性(P=0.002,P=0.024)。
结论
中国女性乳腺癌人群BER、KDR、MMR、HR通路的基因突变检出频率依次升高。ATM、PMS2和KDR基因的胚系突变可能参与了中国女性乳腺癌的发生发展。乳腺癌多通路基因检测可为PARP抑制剂、曲妥珠单抗等靶向药物的使用提供实验室依据。
创伤性脑损伤患者凝血酶-抗凝血酶复合物持续增高预示不良临床结局张伯玮 任静 张珠博 田野 邓全军 门剑龙
中华检验医学杂志2021年 44卷 05期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20201104-00819
目的
研究凝血酶-抗凝血酶复合物(TAT)在颅脑创伤时的变化特征以及对不良临床结局的预测能力。
方法
研究纳入了2018年1月至2019年12月间的147例创伤性脑损伤(TBI)患者,其中男112例,女35例,年龄36(26~48)岁。测定TBI发生后第0、1、3、7天的血浆TAT含量,用Kruskal-Wallis H检验做多组间比对,用Mann-Whitney U检验做两组间数据比对;用Friedman秩和检验做同组内患者数据连续比对;用ROC分析TAT预测TBI患者30 d内不良事件的诊断性能;用Kaplan-Meier曲线做生存分析;用Cox比例风险回归模型做风险比(HR)分析。
结果
轻、中、重型患者各组内的第0、1、3、7天间比较显示,TAT水平均表现为第0天>第1天>第3天>第7天(χ2值分别为95.612、133.555和132.453,P值均<0.001)。不良事件组的第0、1、3、7天的TAT水平高于病情稳定组(U值分别为959.0、321.0、36.0、1.0,P值均<0.001)。在病情稳定组中,重型亚组第0、1天的TAT水平高于轻型亚组(U值分别为0和1.0,P值均<0.001),第3、7 d的TAT水平与轻型组间差异无统计学意义(U值分别为342.5、272.5,P值分别为0.486和0.065);中型亚组第0、1天的TAT水平高于轻型亚组(U值分别为0和280.0,P值均<0.001),第3、7天的TAT水平与轻型亚组间差异无统计学意义(U值分别为628.0、647.0,P值分别为0.826和0.996)。ROC显示,第0、1、3、7 d的TAT诊断临界值分别为68.75、29.05、17.25和13.85 ng/ml时,预测不良事件的敏感度分别为86.8%、94.3%、100.0%和100.0%,特异度分别为71.3%、78.7%、91.5 %和96.8%;生存分析显示,高于上述临界值的患者发生不良临床结局的累积概率显著增高;Cox分析显示,第0、1、3、7天检测TAT预测不良临床结局的HR分别为1.818、2.257、3.526和4.813(P值均<0.001)。
结论
血浆TAT水平与患者病情严重程度密切相关,TAT持续增高能反映不良事件风险,可作为综合预判TBI患者病情发展趋势的有效指标。
全国2 869家医院临床实验室全血细胞计数项目参考区间使用情况调查与分析刘佳丽 杜雨轩 王薇 何法霖 袁帅 张志新 王治国
中华检验医学杂志2021年 44卷 05期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20201027-00797
目的
调查我国全血细胞计数项目参考区间使用和行业标准引用情况。
方法
利用网络调查表形式收集参加2019年全血细胞计数18个项目参考区间调查的所有实验室的信息。包括实验室参考区间的来源、是否对参考区间进行验证、参考区间上下限、所用方法、仪器、试剂和校准品等信息。利用Microsoft Excel 2007软件分析所有回报实验室的结果,获取中位数、众数和95%置信区间,对全血细胞计数项目参考区间的分布和行业标准的一致性情况进行分析。
结果
全国共计2 869家实验室回报了数据。参考区间的来源主要为行业标准和临床检验操作规程,所占比例分别为33.30%~35.02%和28.55%~30.90%。49.44%~55.13%的实验室引用行业标准时进行了验证。红细胞、血红蛋白和血细胞比容3个项目中引用行业标准组大部分实验室(89.37%~91.69%)的参考区间分组与行业标准一致。参考区间上下限与行业标准给出的上下限比较,平均红细胞血红蛋白浓度、中性粒细胞绝对值、嗜碱性粒细胞绝对值、单核细胞绝对值、淋巴细胞百分数参考区间下限;中性粒细胞百分数参考区间上限;平均红细胞容积、平均红细胞血红蛋白量、嗜酸性粒细胞绝对值、嗜碱性粒细胞百分数、单核细胞百分数参考区间上下限的中位数和众数相等且与行业标准给出的一致,其余项目实验室使用参考区间上下限与行业标准给出的参考区间不一致。
结论
全血细胞计数项目参考区间的使用不尽相同,且行业标准的实施情况并不乐观,有相当一部分实验室未对参考区间进行验证,因此推广参考区间行业标准很有必要。
基于中部同序引物的多重PCR联合核酸质谱分析技术检测常见血流感染病原菌常悦 王瑜 马艳宁 杨继勇 王成彬 吕建新
中华检验医学杂志2021年 44卷 05期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20201029-00805
目的
基于多重聚合酶链式反应(PCR)与基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)联用的高通量检测技术,构建不同菌种的特征性单核苷酸多态性图谱以建立血流感染病原菌快速、准确、高灵敏的诊断方法。
方法
选取血流感染常见的大肠埃希菌等7种病原菌作为检测对象,优化多重PCR条件,采用MALDI-TOF MS检测各目标菌特征峰,建立多重PCR联合质谱检测体系;分别设计普通引物对及中部同序引物对,分析引物二聚体的形成情况;采用模拟的细菌感染血液样本,测定上述建立体系的特异度及灵敏度;收集2020年6—9月解放军总医院检验科疑似菌血症患者血液样本150份,并将上述体系的鉴定结果与临床应用的传统鉴定方法结果使用χ²检验进行比较。
结果
本研究设计的中部同序引物对的引物二聚体循环阈值(Ct)值在38以上,比普通引物对延迟出现6~10个循环;建立的联合质谱检测体系可同时检测分为两组的7种细菌,目标菌均可检测到特异的产物峰,除目标菌外的临床菌株只有引物峰,所有图谱无非特异的杂峰;大肠埃希菌的灵敏度可以达到50 CFU/ml,其余各菌的检测限为100 CFU/ml;对150例患者的血液样本进行检测,传统方法鉴定出阳性46例,阳性检出率为30.67%(46/150),包括2例混合感染,联合质谱方法鉴定出阳性48例,阳性检出率为32.0%(48/150),包括3例混合感染;阴性符合率为100%(101/101),核酸质谱敏感度为97.82%(45/46),特异度为97.11%(101/104),一致性检验Kappa=0.938(P=0.625),2种方法检测一致性良好。
结论
所建立的检测体系不仅能快速、准确地鉴定引起血流感染的7种常见病原菌,有效缩短传统培养鉴定所需时间,还可检测多重细菌混合感染,弥补混合感染漏检可能。该方法也可用于其他病原菌的鉴定。
产单核李斯特菌侵袭性感染57例分析卢兴兵 戴仲秋 李天立 敖茂程 王彦兮 熊丽 谢轶
中华检验医学杂志2021年 44卷 05期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20200818-00670
目的
分析成人(非孕妇)感染产单核李斯特菌的特点,为该病的诊治提供依据。
方法
纳入2008年1月至2020年4月华西医院收治的产单核李斯特菌感染成人(非孕妇)患者57例。回顾性分析患者的年龄、症状、基础疾病和预后等临床资料,以及白细胞(WBC)、中性粒细胞与淋巴细胞比值(NLR)、降钙素原(PCT)、白细胞介素-6(IL-6)和C反应蛋白(CRP)等实验室结果,分析其临床感染和预后特点。
结果
57例患者年龄18~83(52.8±15.9)岁,60岁以上占35.09%(20/57)。季节分布以夏季发病最高(45.61%,26/57)。48例合并基础疾病;31例发生脓毒症,18例脑膜炎。李斯特菌病确诊时间为(6.1±2.9)d,确诊后调整以碳青霉烯类(26.32%,15/57)、青霉素类(22.81%,13/57)为主的目标性治疗。住院治疗的47例患者治疗后的WBC[6.77(2.99,9.54)×109/L比10.23(6.71,16.55) ×109/L]、NLR[3.07(1.66,8.16)比11.26(5.66,20.08)]和CRP[40.7(16.9,91.9) g/L比92.8(59.9,142.7) g/L]水平明显低于治疗前(P均<0.05)。38例患者根据指南治疗后,33例好转,2例预后不佳,2例死亡。
结论
成人(非孕妇)产单核李斯特菌感染的主要风险因素为其基础疾病,特别是自身免疫性疾病和肺部感染疾病。青霉素类可作为经验治疗首选药物,碳青霉烯类、红霉素等可联合足疗程治疗。