新疆出血热病毒基因组抗原表位及其实验室检测价值的评价张花花 赵国玉 李阳 史深 安冉 袁江玲 刘东亮 窦景锐 雒涛 孙素荣 等
中华检验医学杂志2023年 46卷 02期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20221009-00582
目的
掌握克里米亚-刚果出血热病毒(CCHFV)核蛋白(NP)和糖蛋白(GP)片段的精细抗原表位谱分布,明确优势抗原表位在克里米亚-刚果出血热(CCHF)实验室检测中的价值。
方法
2014—2021年在新疆大学生命科学院实验室将CCHFV YL04057株采用改良生物肽合成方法分段表达出由8个氨基酸组成的最小合成短肽,以CCHFV多克隆抗体或单克隆抗体14B7(IgM)或CCHFV阳性羊血清为抗体,用免疫印迹方法鉴定出NP和GP片段上具有抗原活性的最小抗原表位(BCE),并采用邻接法将获得的具有序列多态性的BCE与不同地区的CCHFV进行空间聚类,确定BCE组合方式与地理区域分布的相关性,探讨其在建立血清学诊断中的应用价值。采用原核表达质粒(pET-32a、pGEX-KG)和带有不完整谷胱甘肽(GST188)标签的原核表达质粒(pXXGST-ST-1)构建和表达NP片段上6个不同肽段长度的优势抗原表位,建立间接酶联免疫吸附测定(ELISA)检测方法,以经免疫荧光法(IFA)鉴定的CCHF羊血清为对照,统计分析不同肽段长度的抗原表位重组蛋白与IFA检测结果的特异度、敏感度和总符合率。
结果
CCHFV NP和GP片段共有30个具有抗原活性的BCE,其中NP片段抗原表位集中的核心中间片段NP2(aa 170~305)有6个BCE,两端的NP1(aa 1~200)和NP3(aa 286~482)有9个BCE;GP片段的Gc(aa 1~558)和Gn(aa 533~708)片段有14个BCE和1个包含15个氨基酸的长抗原肽(AP),NP片段BCE氨基酸序列的同源性为97.1%,GP片段对应的同源性为89.1%。在GP片段9个具有序列多态性的BCE中,由GnEc1、GnE2、GnE4、GcE3、GcE6和GcAP-4(Ap)6个组合BCE可将15株来自全球不同地区的CCHFV聚类成亚洲Ⅰ、亚洲Ⅱ、非洲Ⅰ、非洲Ⅱ和欧洲 5个地理类群。构建表达的PET-32a-NP(全长)、PGEX-KG-NP2(aa 170~305)、pGEX-KG-NP2-1(aa 235~275)、PGEX-KG-NP2-1-1(aa 237~256)、pXXGST-1-NP2-1-2(aa 250~265)和PGEX-KG-NP2-1-3(aa 260~276)6个重组蛋白CCHFV NP兔多克隆抗血清(pAb)免疫印迹反应阳性,以33份经IFA CCHF检测的羊血清为参照,以NP2和NP2-1 2个片段构建的重组蛋白为抗原建立的间接ELISA检测方法检测敏感度、特异度和总符合率最好,敏感度分别为73.4%(11/15)和66.7%(10/15),特异度分别为100%(18/18)和94.4%(17/18),总符合率分别为87.9%(29/33)和81.8%(27/33)。
结论
CCHFV NP和GP上分布着数量较多的具有抗原免疫活性的BCE,其中,优势抗原表位在CCHF实验室血清学诊断中具有较高的应用价值。
mNGS在15例海南危重型立克次体病早期救治中的价值高慧 林锋 杨旭颖 黄涛 吴涛
中华检验医学杂志2023年 46卷 02期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20221013-00633
目的
探讨宏基因组二代测序(mNGS)在危重型不典型的立克次体感染者早期救治中的应用价值。
方法
收集2020年1月至2022年8月在海南省人民医院住院治疗临床诊断危重症立克次体患者的临床特征、血生化结果、外斐反应结果、影像学资料及mNGS结果,进行回顾性分析,使用Fisher精确性检验比较mNGS和外斐反应的阳性率。
结果
15例立克次体病患者中均有发热症状,头痛12例,但具有诊断意义的典型皮疹或焦痂仅为3例,发生脓毒症休克6例,多器官功能障碍15例;血液mNGS阳性15例,其中10例患者在血液中检测出普氏立克次体(恙虫病东方体),其余5例检测出莫氏立克次体,mNGS阳性率显著高于外斐反应(15/15比0,P<0.001)。所有患者在确诊后均被给予多西环素等治疗,其中14例好转出院,1例因病情危重、放弃治疗出院后1周死亡。
结论
mNGS能够提高常规检测结果为阴性的非典型立克次体的检出率,可为危重型立克次体病患者早期诊断、早期抗感染治疗提供参考。
西昌市虫媒病毒核酸检测及其序列分析陈易居 何于雯 杨怡铃 孙劲 杨振兴 孟锦昕 李楠 许传志 王静林
中华检验医学杂志2023年 46卷 02期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20221011-00586
目的
了解四川省西昌市蚊虫样本中虫媒病毒的流行情况,丰富四川省西南部地区虫媒病毒的活动规律和病毒遗传特征的研究数据。
方法
2018年6月对采集自西昌市3个村不同猪圈环境中的三带喙库蚊提取核酸,使用云南环状病毒属、版纳病毒属、西藏环状病毒属(S7、S10)、黄病毒属、甲病毒属的特异性引物进行PCR检测,对阳性产物克隆测序并进行序列分析。
结果
共采集到蚊虫9 012只,其中三带喙库蚊为优势蚊种,对采集到的三带喙库蚊分88批次进行扩增,分别检测出2株乙型脑炎病毒(JEV)、7株版纳病毒(BAV)、7株西藏环状病毒(TIBOV)和1株云南环状病毒(YOUV),序列分析结果显示,17株新检测病毒株均与云南分离株遗传关系接近,2株JEV位于GⅠ-b进化支;7株BAV为A2进化分支;7株TIBOV中,6株位于同一进化支;1株TOUV与云南分离株在同一进化支。
结论
西昌市的三带喙库蚊中存在携带JEV、BAV、YOUV及TIBOV等病毒的可能,其中JEV为GⅠ-b型病毒,BAV为A2型,为西昌市虫媒病毒的检测及分析提供了数据支持。
秭归县日本斑点热临床和实验室特征分析龚萍 陈新 鲁军霖 史海霞 寇友祥 汪长珍 龚发明 秦雪芬 周剑楠 林雪冰
中华检验医学杂志2023年 46卷 02期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20220930-00574
目的
分析秭归县日本斑点热患者的流行和临床特征,为提高日本斑点热的防治措施提供依据。
方法
病例系列分析。研究秭归县人民医院2021年4月至2022年8月确诊并住院的18例日本斑点热患者,其中男7例,女11例;年龄60(54,68)岁。收集病历资料,分析其流行病学特征、临床特征、实验室检查及影像学特点。
结果
18例日本斑点热患者,17例为农民,1例为教师,均有野外接触史。主要发病时间为4至10月,春秋季最多。患者首发症状一般为高热、头痛、乏力、全身肌肉酸痛;15例患者出现皮疹,12例出现焦痂,3例患者无皮疹和焦痂;患者中10例双下肢水肿,3例出现意识障碍等精神症状。实验室检查发现:15例患者白细胞正常或降低,11例血小板降低,C反应蛋白、降钙素原、D-二聚体、乳酸脱氢酶、α-羟丁酸脱氢酶均升高,17例白蛋白降低;13例丙氨酸转氨酶和14例天冬氨酸转氨酶升高;11例尿蛋白异常。
结论
日本斑点热最常见的临床表现为高热寒战、乏力、头痛、全身肌肉酸痛,作为立克次体感染主要特征的焦痂与皮疹并非在所有患者中存在,因此增加了日本斑点热的诊断难度,造成患者病情的延误,甚至死亡。医疗工作者应在日本斑点热高发季节提高对有野外接触史的不明原因高热患者感染立克次体的警惕,结合患者临床表现、实验室检查结果、影像学资料等及早诊断并给予正确的抗菌药物治疗,控制病情。
MassARRAY基因分型技术在新生儿遗传代谢病诊断中的应用张婷 尚世强 杨建滨 周旭晨 张玉 杨茹莱 黄新文
中华检验医学杂志2023年 46卷 02期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20220321-00164
目的
探讨MassARRAY基因分型技术应用于新生儿遗传代谢病诊断的准确性、时效性及可行性。
方法
回顾性研究。收集2016年12月至2020年1月在浙江省新生儿筛查中心应用串联质谱筛查的疑似阳性患儿7 922例,采用MassARRAY技术进行27种遗传代谢病的常见变异位点检测,通过Sanger或二代测序验证并进一步寻找潜在变异。
结果
共1 408份样本送检MassARRAY,307例确诊为遗传代谢病患儿,其中高苯丙氨酸血症检出率最高,其次为原发性肉碱缺乏症、短链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症和甲基丙二酸血症。经Sanger测序验证100%(307/307)符合。287例检测为携带者,49.1%(141/287)经Sanger测序确认为携带者,以SLC22A5、MCCC1基因为主。50.8%(146/287)还检测到另一个等位基因变异,以PAH、PTS和ACADS基因为主。814例未发现变异,对其中158例复查后串联质谱特征性指标持续阳性、尿有机酸及其他生化检测等异常的样本进行二代测序,38%(60/158)检测到2个等位基因变异。最终确诊513例遗传代谢病患者,MassARRAY的总检出率为59.8%(307/513)。
结论
MassARRAY技术可作为新生儿遗传代谢病的早期分子筛查方法,在高苯丙氨酸血症、原发性肉碱缺乏症等热点变异集中的疾病中检出率较高,后期需不断优化新的疾病基因和变异位点从而进一步提升其潜在应用价值。
C14∶1/C12∶1在新生儿筛查极长链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症中的应用价值洪冬洋 王本敬 王彦云 王欣 孙云 程威 管贤伟 蒋涛
中华检验医学杂志2023年 46卷 02期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20220321-00168
目的
探讨非衍生化串联质谱法(MS/MS)中十四烯酰基肉碱(C14∶1)/十二烯酰基肉碱(C12∶1)在新生儿筛查极长链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症(VLCADD)中的应用价值,并探索筛查VLCADD的最佳指标组合方案。
方法
回顾性分析2014年1月至2021年12月南京市新生儿疾病筛查中心和苏州市新生儿疾病筛查中心17例MS/MS筛查发现并经酰基辅酶A脱氢酶极长链(ACADVL)基因确诊的VLCADD患儿和423 507名经MS/MS筛查正常的新生儿资料。采用受试者工作特征(ROC)曲线分别确定所有新生儿组、足月新生儿组和正常出生体重新生儿组C14∶1/C12∶1筛查VLCADD的截断值。同时将不同指标单独或联合组成5个结果判读方案,分别为方案1(C14∶1/C12∶1)、方案2(C14∶1)、方案3(C14∶1+C14∶1/C2+C14∶1/C16)、方案4(C14∶1/C12∶1+C14∶1)和方案5(C14∶1/C12∶1+C14∶1+C14∶1/C2+C14∶1/C16),并计算各方案的检出率、假阳性率、阳性预测值,采用χ²检验比较其筛查效率。
结果
所有新生儿组、足月新生儿组和正常出生体重新生儿组C14∶1/C12∶1的截断值均为2.80。5个判读方案筛查VLCADD的检出率均为17/17。其中方案1假阳性率[26.15‰(11 075/423 524)]最高,阳性预测值[0.15%(17/11 092)]最低。方案4(方案5)假阳性率最低,为[0.02‰(10/423 524)],阳性预测值最高,为[62.96%(17/27)],与方案1、方案2、方案3比较,假阳性率(χ²值分别为302.30、11 191.50和32.06)和阳性预测值(χ²值分别为102.51、3 485.61和13.83)差异均有统计学意义(P均<0.001)。
结论
C14∶1/C12∶1是新生儿筛查VLCADD有效的辅助判读指标,推荐C14∶1/C12∶1+C14∶1为非衍生化串联质谱法判读VLCADD的最佳筛查指标组合。
宏基因组二代测序用于艾滋病患者中耶氏肺孢子菌感染的诊断价值李晓琴 杨彩丽 毛玉环 邬靖敏 王稀 伍勇 胡金伟
中华检验医学杂志2023年 46卷 02期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20220408-00207
目的
探讨宏基因组测序(mNGS)在艾滋病合并耶氏肺孢子菌感染患者中的诊断价值。
方法
回顾性研究。收集2019年1月至2021年6月长沙市第一医院艾滋病科诊断为艾滋病合并感染共236例患者的呼吸道和其他体液标本及其病例背景资料,同时进行传统病原学六胺银染色、血清G试验和mNGS检测。采用Fisher精确检验统计分析其结果,比较mNGS与六胺银染色和血清G试验的诊断性能差异。
结果
共收集艾滋病合并肺部感染的患者236例,临床初步诊断耶氏肺孢子菌肺炎患者77例,非耶氏肺孢子菌肺炎患者159例。艾滋病合并肺部感染患者中,mNGS检测出耶氏肺孢子菌阳性者77例,检出率为32.63%(77/236),六胺银染色法检测,耶氏肺孢子菌阳性者10例,检出率为4.24%(10/236),血清G试验阳性者146例,检出率为61.86%(146/236)。以临床治疗性诊断为标准,77例耶氏肺孢子菌肺炎患者中,mNGS检测的敏感度为100%(77/77),高于六胺银染色[12.99%(10/77),P=0.046]和血清G试验[58.44%(45/77),P=0.038]。mNGS检测具有良好的特异度,与六胺银染色的特异度相同,均为100%(159/159),高于血清G试验[36.48%(58/159),P=0.026]。以治疗性临床诊断为参考方法,mNGS检测的符合率为100%(236/236)。
结论
mNGS检测对艾滋患者合并耶氏肺孢子菌感染诊断的敏感度和特异度高,对耶氏肺孢子菌感染有较好的诊断价值。
MALDI-TOF质谱不同算法快速鉴定甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌的可行性马红英 李雪 李亚楠 鲁辛辛
中华检验医学杂志2023年 46卷 02期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20220714-00408
目的
探索基质辅助激光解吸电离飞行时间(MALDI-TOF)质谱仪不同算法快速识别甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌可行性。
方法
从北京同仁医院检验科2017年1月至2019年6月的细菌库中选取314株金黄色葡萄球菌临床分离株用MALDI-TOF MS鉴定,经头孢西丁纸片法(抑菌环直径≤21 mm)及聚合酶链反应(PCR)mecA基因初筛,将菌株分为甲氧西林耐药的金黄色葡萄球菌(MRSA)组(130株)和甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌(MSSA)组(184株);甲酸提取法采集谱图,将MRSA组和MSSA组再各分成3个亚组,即MRSA-1亚组(43株)、MRSA-2亚组(42株)及MRSA-3亚组(45株)和MSSA-1亚组(60株)、MSSA-2亚组(61株)及MSSA-3亚组(63株);使用Bruker MALDI-TOF质谱仪的ClinProTools软件中的遗传算法、快速分类算法、监督式神经网络算法以及中元汇吉质谱仪EX-Smartspec软件的卷积神经网络算法进行试验研究,重复3轮(第1轮MRSA-1和MRSA-2、MSSA-1和 MSSA-2为建模组,MRSA-3和MSSA-3为验证组,依此类推进行3轮)。以4种算法的受试者工作特征(ROC)曲线下面积展开性能确认。从北京同仁医院检验科2019年7—12月的细菌库中选38株MRSA和40株MSSA临床株,使用甲酸提取法采集谱图,对卷积神经网络算法建立的模型进行独立测试。
结果
在3轮建模和验证后,3个子组Bruker ClinProTools遗传算法的ROC曲线下面积分别为0.89、0.74和0.64,快速分类算法的ROC曲线下面积分别为0.77、0.95和0.94,监督式神经网络算法的ROC曲线下面积分别为0.90、0.98和0.98,中元汇吉质谱仪EX-Smartspec软件的卷积神经网络算法的ROC曲线下面积分别为0.95、0.99和0.99。卷积神经网络算法的独立测试结果显示其敏感度88.82%(810/912)、特异度81.15%(779/960)、准确性84.88%(1 589/1 872)、ROC曲线下面积0.92。
结论
Bruker ClinProTools软件中的监督式神经网络算法与中元汇吉质谱仪EX-Smartspec软件所用的卷积神经网络算法在快速识别MRSA时的性能指标可被临床接受。利用卷积神经网络算法,通过MALDI-TOF质谱技术可快速确认MRSA株,及时指导临床用药。
基于生物信息学分析筛选儿科脓毒症关键基因浦浩萍 张秀彩
中华检验医学杂志2023年 46卷 02期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20221219-00741
目的
应用生物信息学方法筛选和分析儿科脓毒症关键基因。
方法
从GEO数据库中下载2015年2月19日上传的儿科脓毒症芯片数据集GSE66099和2020年2月13日上传的儿科脓毒症芯片数据集GSE145227,使用Limma包筛选儿科脓毒症与正常对照组血液组织差异表达信使核糖核酸(DEmRNA),随后进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用在线网站STRING和Cytoscape软件对DEmRNA构建蛋白互作网络(PPI),并筛选关键(hub)基因。最后使用R软件进行hub基因差异表达和受试者工作特征曲线(ROC曲线)分析。
结果
共发现160个DEmRNA,包含126个上调mRNA和34个下调mRNA。通过GO功能富集分析,发现DEmRNA主要富集在中性粒细胞激活和脱粒,T细胞激活以及淋巴细胞活化调节。KEGG富集通路分析显示DEmRNA主要参与自然杀伤细胞介导的细胞毒性和中性粒细胞胞外陷阱的形成。STRING和Cytoscape共筛选出10个hub基因,通过R软件分析发现10个hub基因(ARG1、RETN、MMP9、C3AR1、LCN2、FPR2、CCL5、CEACAM8、ELANE和DEFA4)在儿科脓毒症中具有显著的差异表达,同时每个hub基因的ROC曲线下面积均>0.7,具有较好的诊断价值。
结论
通过生物信息学分析获得10个hub基因在儿科脓毒症疾病进展中发挥重要作用,并为儿科脓毒症诊断、预后标志物和潜在治疗靶点提供了新的理论依据。
基于阻断膜金属蛋白酶TRABD2A的HIV储存库检测方法的建立欧阳嘉悦 王若琳 张晓维 梁国新
中华检验医学杂志2023年 46卷 02期
DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20221027-00628
目的
探究人源化膜金属蛋白酶——含有TRAB结构域的蛋白2A(TRABD2A)单克隆抗体对接受联合抗逆转录病毒疗法(cART)的人免疫缺陷病毒(HIV-1)感染者储存库细胞的作用效果,建立基于TRABD2A阻断抗体的全新HIV-1储存库检测方法。
方法
2021年5—12月于中国医科大学附属第一医院收集研究对象51例。其中健康者2名,接受cART的HIV-1感染者(cART组)41例,未接受cART的HIV-1感染者(no-cART组)8例。采用噬菌体展示库技术构建人源化TRABD2A单克隆抗体,分别处理HIV-1感染者、未接受cART的HIV-1感染者及健康对照者的外周血单个核细胞(PBMC)和CD4+T淋巴细胞,利用荧光素酶报告系统、单分子免疫阵列检测技术等方法检测细胞培养上清中病毒含量,同时使用流式细胞术、荧光实时定量聚合酶链式反应检测处理后细胞的活化和病毒基因表达情况,比较不同处理组之间病毒释放量和表面活化标志CD25、CD69、HLA-DR(人类白细胞DR抗原)表达量的差异。
结果
接受cART的HIV-1感染者的PBMC经人源化TRABD2A单克隆抗体处理后检测HIV-1产量,未处理组为0(0,440),使用负抗体所释放的病毒量为0(0,390),二者差异无统计学意义(P>0.05),而使用正抗体所释放的病毒量为1 259(0,4 269)和3 142(1 292,5 060),与使用负抗体所释放的病毒量相比,差异均有统计学意义(P<0.05)。利用健康对照者PBMC对感染者PBMC进行倍比稀释,经正抗体处理后病毒释放量等比例下降[未稀释、稀释5、25、125、625倍对应的HIV-1产量分别为4 670(3 339,7 697)、1 860(1 509,4 615)、1 550(1 150,2 680)、602(255,1 441)、2(0,37)]。且TRABD2A单抗处理后的细胞静息状态与未处理组差异无统计学意义(未处理组与正抗体-1处理组的CD25阳性细胞百分率分别为3.89±1.31、4.60±1.74,CD69阳性细胞百分率分别为2.50±1.27、2.18±0.51,HLA-DR阳性细胞百分率分别为7.66±3.78、8.79±3.42;P均>0.05),未处理与正抗体-1的病毒群抗原基因(Gag)表达量分别为1和0.82±0.55,差异无统计学意义(P>0.05)。
结论
人源化TRABD2A单克隆抗体能够有效阻断TRABD2A的蛋白活性,可在不改变细胞静息状态和全基因组转录水平的情况下,显著促进HIV-1感染者外周血中储存库细胞释放子代病毒,且通过此方式所引起的储存库病毒释放量与储存库细胞数量呈正相关。