高分辨微阵列比较基因组杂交技术在临床复杂染色体异常遗传诊断中的应用葛运生 孔辉 曾寰 江雨 郭奇伟 李健 黄新力 周裕林
中华检验医学杂志2013年 36卷 01期
DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2013.01.012
目的评估高分辨微阵列比较基因组杂交技术(Array CGH)在临床复杂染色体异常遗传诊断中应用的可行性。方法选取2010年12月至2011年12月厦门市妇幼保健院遗传咨询门诊患者2例、产前诊断门诊患者2例。2例遗传咨询患者按无菌要求、EDTA抗凝,采集2~4 ml外周血;2例产前诊断患者,经遗传咨询、术前检查后,于手术室B超引导下抽取约2~3 ml脐血。对4份标本分别进行染色体核型分析,同时提取4份标本的全基因组DNA,应用Array CGH进行亚显微水平分析。Array CGH结果最后通过荧光原位杂交技术(FISH)进行验证。结果Array CGH检测发现4例患者在多条染色体上均出现不同程度的复制和缺失,这些复制和缺失大多数没有被核型分析检测到。1号病例为4p16.3-4p15.31复制、4p16.3端粒区缺失;2号病例为Xp11.22-Xq11.1复制;3号病例为2q37.3缺失、4p16.3-4p15.32复制;4号病例为2q14.3-2q21.1缺失、2q21.2-2q32.1复制。FISH检测与Array CGH结果相吻合。结论Array CGH可以准确检测亚显微的微小片段缺失、复制等拷贝数变化,且能确定断裂位点,可为临床遗传诊断提供依据。(中华检验医学杂志,2013,36:46-49)
男性生殖异常患者Y染色体异常及AZF微缺失分析董媛 武婧 杜日成 姜雨婷 李磊磊 刘睿智
中华检验医学杂志2013年 36卷 01期
DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2013.01.013
目的探讨Y染色体异常及AZF微缺失与男性生殖异常的关系。方法病例对照研究。收集2007年4月至2011年4月因生殖异常到吉林省生殖医学研究所临床基地及吉林大学临床医院就诊的2694例男性患者(23~49岁),其中生精障碍组1332例、配偶不良妊娠组994例、不良生育组368例。G显带技术分析患者外周血染色体核型,PCR方法对检出的Y染色体异常患者行AZF微缺失检测。χ2检验比较Y染色体异常在3组生殖异常中的发生率。结果检出Y染色体异常51例(1.89%,51/2694):其中生精障碍组32例(2.40%,32/1332)、配偶不良妊娠组15例(1.51%,15/994)、不良生育组4例(1.09%,4/368)。χ2检验比较Y染色体异常在3组之间的发生率,差异均无统计学意义(χ2=3.895,P>0.05)。51例Y染色体异常患者中检出AZF微缺失10例(19.61%,10/51),均为生精障碍患者。结论Y染色体异常在3组生殖异常中的发生率相近。对生殖异常男性行外周血染色体检查和AZF微缺失检测有助于明确其遗传学病因。(中华检验医学杂志,2013,36:50-52)
云南地区123例艾滋病抗病毒治疗失败患者的HIV-1基因耐药突变位点分析钟敏 杨壁珲 杨绍敏
中华检验医学杂志2013年 36卷 01期
DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2013.01.014
目的探讨云南地区抗病毒治疗失败的艾滋病患者中HIV-1基因耐药突变位点间的差异。方法2009年8月至2011年1月,选择151例云南省HIV/AIDS抗病毒治疗失败患者作为监测对象,进行横断面调查。用RT-PCR方法扩增HIV-1 pol区基因,所得扩增片段进行测序后提交斯坦福大学HIV耐药数据库分析耐药突变发生情况。对所得到的HIV-1耐药基因突变频率和位点与HIV/AIDS患者的性别、民族、感染途径和亚型进行统计学处理分析,采用χ2检验或Fisher精确概率法进行统计学检验。结果151例患者中有123例患者的样本扩增成功,共获得123例患者蛋白酶区和逆转录酶区的基因扩增片段。RT区主要耐药位点是M184(72.4%,89/123),其次是K103(47.2%,58/123),其余依次为G190(34.1%,42/123)、Y181(29.3%,36/123)、T215(26.0%,32/123)、K101(17.1%,21/123)、D67(15.4%,19/123)。突变位点V75、A62、M230在女性中比男性发生率高(χ2=7.001,6.975,5.446,P均<0.05);在汉族人群中,变异位点T215、K70、T69比其他少数民族发生率高(χ2=5.290,4.060,3.860,P均<0.05);位点M41在少数民族中并未出现;在性接触感染途径人群中针对NRTI的突变位点T215、T69比在静脉吸毒人群中发生率高(χ2=10.431,7.952,P均<0.05),V75在静脉吸毒人群中并未出现;在针对NNRTI的耐药位点中,G190在静脉吸毒人群比性接触感染途径人群间发生率高(χ2=6.669,P<0.05),M230在静脉吸毒人群中并未出现;不同亚型中突变位点V75、T69、M230在CRF01_AE亚型人群中比在B亚型中发生率高,而L74在CRF01_AE亚型中并未出现。结论HIV基因耐药突变是导致云南德宏、个旧、文山、玉溪等地区AIDS患者抗病毒治疗失败的主要原因。结果分析显示这些耐药突变位点的发生在民族、性别、传播途径及亚型不同的患者中存在着显著差异。(中华检验医学杂志,2013,36:53-58)
AS-PCR检测丙型肝炎患者IL28B rs12979860基因多态性童永清 李艳 包安裕 郑红云 顾剑
中华检验医学杂志2013年 36卷 01期
DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2013.01.015
目的评价等位基因特异性PCR(AS-PCR)检测白介素28B(IL28B)rs12979860基因多态性在预测丙型肝炎患者抗病毒治疗效果中的应用价值。方法选取2011年5月至2012年5月武汉大学人民医院感染科174例丙型肝炎住院患者外周血,针对rs12979860基因多态性设计特异性引物2对,并在反向引物3′末端第2或第3碱基处引入突变碱基,用AS-PCR检测30例丙型肝炎患者rs12979860基因多态性,并用基因测序法平行验证,比较2种检测方法的符合率、敏感度和特异度。然后采用AS-PCR方法分析174例丙型肝炎患者rs12979860不同基因型在人群中的分布频率。结果AS-PCR和测序法平行检测30例丙型肝炎患者,均能有效鉴别rs12979860基因的CC型、CT型和TT型,二者符合率为100%(χ2=60.0,P<0.01),特异度和敏感度也均为100%。以CC基因型为对照,AS-PCR检测TT基因型灵敏度为10-5,测序法为2×10-1。用AS-PCR法从174例丙型肝炎患者中,检出rs12979860基因的TT型、CC型和CT型的分布频率分别为3.5%(6/174)、13.2%(23/174)和83.3%(145/174)。结论AS-PCR法可快速、准确、可靠、经济、有效地检测丙型肝炎患者IL28B rs12979860基因多态性,适于各大医院预测丙型肝炎患者抗病毒治疗效果。(中华检验医学杂志,2013,36:59-62)
双通道实时荧光PCR熔解曲线法检测结核分枝杆菌药物耐药相关基因突变柳清云 罗涛 李静 梅建 高谦
中华检验医学杂志2013年 36卷 01期
DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2013.01.016
目的基于双标记荧光探针熔解曲线分析技术,建立一种利用实时荧光PCR快速检测结核分枝杆菌耐药突变的方法。方法根据结核分枝杆菌一线药物常见耐药突变位点(包括rpoB 81 bp耐药决定区、inhA启动子、katG315、ahpC启动子以及embB306)设计6条荧光双标记探针和对应引物,通过PCR扩增耐药突变位点所在基因片段,在扩增完成后通过熔解曲线检测分析实现对耐药突变的快速检测。通过对2008年上海市疾控中心收集的76株临床耐多药(MDR)菌株进行检测,验证本方法的敏感度和特异度。结果本方法成功从76株MDR菌株中检测出相关耐药突变,各种突变对应ΔTm值范围为1.8~14.4℃。将检测结果和测序结果对比表明该方法检测敏感度和特异度都为100%(rpoB,80/80;inhA,7/7;katG315,59/59;ahpC,8/8;embB306,27/27)。本方法可以成功从最低浓度为100拷贝/μl的结核分枝杆菌DNA样本中准确地检测耐药突变。结论双通道实时荧光PCR熔解曲线法可以快速灵敏地检测结核分枝杆菌常见耐药突变。该方法具有检测迅速准确、结果易判读、交叉污染概率低等特点,可用于快速检测临床结核耐药相关的基因突变,并对结核耐药情况进行评估。(中华检验医学杂志,2013,36:63-67)
白细胞介素11和结缔组织生长因子的表达与乳腺癌发生骨转移的关系任丽 谷彦军 王晓蕊 葛洁
中华检验医学杂志2013年 36卷 01期
DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2013.01.017
目的探讨白细胞介素11(IL-11)和结缔组织生长因子(CTGF)在乳腺癌骨转移中的作用。方法本研究为病例对照研究。收集天津医科大学附属肿瘤医院2007年5月至2009年1月收治的180例乳腺癌患者,均经组织学病理证实;按是否发生骨转移分为乳腺癌骨转移组90例、乳腺癌无骨转移组90例。健康对照组为同期本院20名健康体检者,均排除内分泌代谢性疾病和其他慢性疾病史。抽取外周血标本,应用酶联免疫法定量检测IL-11与CTGF的表达情况。同时收集乳腺病理科有完整存档资料的40例有骨转移和40例无骨转移的乳腺癌患者相应的肿瘤组织,采用组织芯片技术,应用免疫组化方法,检测肿瘤组织中二者的表达情况。统计学分析采用χ2检验、t检验及方差分析。结果IL-11和CTGF的血清浓度在骨转移组和无骨转移组分别为(242.9±56.3)、(85.9±35.7)μg/L及(15.6±7.4)、(15.0±7.0)μg/L,其中IL-11浓度在骨转移组明显高于无骨转移组,差异有统计学意义(F=43.532,P<0.01),而CTGF浓度在两组间差异无统计学意义(F=3.007,P>0.05)。IL-11和CTGF的高表达率在骨转移组和无骨转移组分别为57.5%、14.3%和17.5%、14.3%,其中IL-11的高表达率在骨转移组明显高于无骨转移组(χ2=36.626,P<0.01),而CTGF的高表达率在两组间差异无统计学意义(χ2=0.370,P>0.05)。结论IL-11的表达与乳腺癌骨转移的发生相关,高表达IL-11的乳腺癌可能更易发生骨转移。(中华检验医学杂志,2013,36:68-71)
血清HE4和HE4/CA 125并联检测对人卵巢癌诊断试验的Meta分析金霞霞 沈波 颜海希 沈毅
中华检验医学杂志2013年 36卷 01期
DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2013.01.018
目的通过Meta分析评价人附睾蛋白4(HE4)、HE4/糖类抗原125(CA125)并联检测对人卵巢癌的诊断价值。方法通过检索Pubmed、Embase和中国知网期刊数据库(CNKI)等,获得有关以血清HE4、HE4/CA125并联检测诊断卵巢癌的文献。由2位研究者按照纳入与排除标准独立选择文献、提取资料和评价质量后,采用Meta-Disc1.4进行Meta分析,绘制综合受试者操作特性(SROC)曲线,并计算曲线下面积(AUC)。采用Z检验对HE4、HE4/CA125并联检测的AUC进行比较;运用Stata 11.0软件,选用Egger法进行发表偏倚检测。结果共纳入14篇文献,对照组可分为健康对照组和良性疾病组。健康对照组HE4、HE4/CA 125并联检测诊断卵巢癌的AUC分别为0.9502±0.0137、0.9588±0.0113,差异无统计学意义(Z=0.484,P>0.05)。良性疾病组存在异质性,cut-off值是引起异质性的原因。HE4、HE4/CA125并联检测诊断卵巢癌的AUC分别为0.9153±0.0095、0.9323±0.0082,差异无统计学意义(Z=1.350,P>0.05)。设置cut-off值为150 pmol/L的亚组,HE4、HE4/CA125并联检测诊断卵巢癌的AUC分别为0.9032±0.0174、0.9267±0.0176,差异无统计学意义(Z=0.950,P>0.05)。结论血清HE4、HE4/CA125并联检测对于卵巢癌的临床诊断均具有较高的曲线下面积,HE4检测具有较高的特异度,而HE4/CA125并联检测则具有较高的敏感度,但两者对卵巢癌的诊断价值差异无统计学意义。(中华检验医学杂志,2013,36:72-76)