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使用 Perturb-Audit 表征和缓解 Perturb-seq 中的跨文库 PCR 嵌合体Xin Song, Jiayi Lu, Ping Zhu
血液科学(英文)2026年 08卷 03期
DOI: 10.1097/BS9.0000000000000306
Perturb-seq使CRISPR扰动与单细胞转录组表型的高通量连接成为可能;然而,推断质量取决于准确的单引导RNA(sgRNA)分配。在基于10x基因组学的单细胞工作流程中,分配可能会被环境RNA、超载液滴和扩增伪影(包括跨文库聚合酶链式反应(PCR)嵌合体)扭曲。我们证明了标准的细胞游侠处理——独立校正基因表达和CRISPR文库——不能明确解决跨文库分子冲突,其中单细胞条形码-唯一分子标识符(CBC-UMI)对被分配给不一致的特征。为了解决这一限制,我们开发了扰动审计,这是一个诊断和去噪框架,将分子水平的碰撞审计与统计背景抑制相结合。在T细胞耗竭的Perturb-seq数据集中,有针对性的碰撞去除提供了高特异性的清理,而使用CellBender的全局去噪在分配质量和表型分离方面产生了更广泛的改进。改进的分配保真度增加了可检测的扰动效应大小,并且能够恢复生物学相关的免疫细胞信号。应用这种方法,我们回顾了已知的Klf2-抗病毒CD8+T细胞干扰-seq数据中的缺陷表型。此外,我们发现抑制埃奥梅斯触发疲劳偏移,而毒素缺乏促进效应器样分化。总的来说,这些发现支持审计优先的策略,以提高单细胞CRISPR筛选中的分配保真度和生物学可解释性。
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Tgfbr3是小鼠造血干细胞自我更新潜能的长期维持所必需的Xialin Li, Qitai Yang, Jinglei Zhai, Xiaobing Zhang, Fang Dong, Hideo Ema
血液科学(英文)2026年 08卷 03期
DOI: 10.1097/BS9.0000000000000307
转化生长因子-β(TGF-β)信号传导在维持造血干细胞(HSC)的静止和自我更新潜能中起着至关重要的作用。尽管进行了数十年的研究,但由于各种敲除(KO)小鼠模型的表型相互冲突,HSCs中TGF-β信号传导的潜在机制仍然难以捉摸。在这里,我们显示HSCs共表达Tgfbr2,Tgfbr3,和恩多格林(工程)但很少表达Tgfbr1,而淋巴细胞共表达Tgfbr1和Tgfbr2但很少表达Tgfbr3或者工程.我们还证明了Tgfbr3对于维持免疫稳态是不可或缺的,相比之下Tgfbr1和Tgfbr2,这两种都是淋巴细胞稳态所必需的。系列移植试验显示缺失Tgfbr3在HSCs中,对短期重建几乎没有影响,但损害了长期自我更新潜力,在工程条件性KO小鼠。因此,我们提出淋巴细胞依赖于经典模型所暗示的Tgfbr1/Tgfbr2复合物,而HSC需要独特的Tgfbr2/Tgfbr3/Eng复合物来协调TGF-β信号传导。总之,这项研究揭示了 Tgfbr3 是维持 HSC 自我更新潜力的关键调节因子,并提出了一种新型的 HSC 特异性 TGF-β 受体复合物。
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LPCAT3对白血病进展至关重要,并代表AML的治疗脆弱性Mutian Cao, Lizhen Cong, Yifei He, Mingyue Hao, Yuanyi Ling, Wanting Li, Mingyue Zhang, Weiping Yuan, Yajing Chu
血液科学(英文)2026年 08卷 03期
DOI: 10.1097/BS9.0000000000000296
急性髓性白血病(AML)是一组遗传和临床异质性恶性肿瘤,其特征是未成熟髓性祖细胞的克隆扩增和正常造血功能的严重破坏。新的证据表明,细胞体内平衡的改变塑造了癌症的进展。然而,AML进展的潜在机制在很大程度上仍不清楚。在这里,我们发现溶血磷脂酰胆碱酰基转移酶3(LPCAT3)是陆地循环的关键酶,是AML进展的关键调节因子。公共转录组数据集和患者来源CD34的分析+细胞显示AML中强烈的LPCAT3过表达,以及高LPCAT3水平与较低的AML患者总生存率之间的关联。shRNA或CRISPR-Cas9在MOLM-13和THP-1细胞中抑制LPCAT3显著损害增殖,诱导凋亡,并导致G0/G1细胞周期停滞。相反,强制过表达促进了细胞存活。在异种移植小鼠模型中,LPCAT3耗竭降低了白血病负荷。LPCAT3丢失后的RNA-seq显示差异表达的基因在粒细胞趋化性相关途径中显著富集,表明LPCAT3在调节白血病分化程序和微环境相互作用中的作用。总的来说,这些数据确定了LPCAT3是以前未被认识到的AML细胞适应性的介质和潜在的治疗靶点。
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STAT3抑制根除多发性骨髓瘤干样细胞并诱导免疫原性细胞死亡Yuqian Sha, Wenyu Li, Yan Zhang, Tengyuan Liu, Mei Yuan, Wenya Wang, Jianquan Gu, Hai Cheng, Mingshan Niu, Peiyu Yang 等
血液科学(英文)2026年 08卷 03期
DOI: 10.1097/BS9.0000000000000301
信号转导和转录激活剂3(STAT3)是多发性骨髓瘤(MM)的关键致癌驱动因素,其组成型激活促进骨髓微环境中恶性浆细胞增殖、存活和耐药性。尽管治疗取得了进展,但由于持续的STAT3驱动的肿瘤发生和MM干细胞的弹性,MM仍然无法治愈。我们研究了新型STAT3抑制剂纳帕布卡辛(BBI608)在MM中的治疗潜力。我们的数据表明,BBI608在体外和体内有效抑制MM细胞增殖,同时显著损害克隆形成潜力并诱导强烈凋亡。在机制上,BBI608通过靶向块状肿瘤细胞和根除MM细胞的干样区室表现出双重功效,从而解决了关键的治疗挑战。此外,我们揭示了BBI608通过激活内质网(ER)应激和未折叠蛋白反应(UPR)触发免疫原性细胞死亡(ICD),随后增强了T细胞介导的抗肿瘤免疫。我们的发现强调了STAT3抑制作为同时根除MM细胞、靶向干细胞库和利用抗肿瘤免疫的有前途的策略,为BBI608在MM治疗中的临床转化提供了强有力的依据。
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深度学习模型的开发和验证,以预测接受持续静脉肝素输注的深静脉血栓形成危重患者的肝素反应Shengjun Liu, Longxiang Su, Sihang Zhang, Huacong Cai, Weiling Shou, Bo Tang, Xinchen Wang, Anhui Guo, Weiguo Zhu, Yun Long
血液科学(英文)2026年 08卷 03期
DOI: 10.1097/BS9.0000000000000300
持续静脉输注肝素广泛用于重症监护室(ICU)的深静脉血栓形成(DVT),但由于患者的异质性和复杂的药物反应,准确预测活化部分凝血活酶时间(APTT)仍然具有挑战性。使用肝素给药数据、实验室测试和患者病史开发了一个深度学习模型,以预测患有DVT的ICU患者未来的APTT值。收集了796例接受持续肝素输注的患者的数据,包括人口统计学、合并症、治疗和实验室信息,并对来自重症监护医学信息市场(MIMIC)数据库的514例患者进行了外部验证。训练并评估了具有辍学的2层长短期记忆模型。通过[t-12,t-2]窗口,产生1.885的平均绝对误差,4.732的均方根误差,R20.945,平均绝对百分比误差为4.433。亚组分析显示了关键APTT区域和治疗类别(亚治疗、治疗、超治疗)的稳健准确性,曲线下面积值为0.92、0.81和0.92。该模型平均提前6小时预测了APTT值的异常,并可以在大约70%的病例中改善对医生主导管理的指导。外部验证证实了良好的推广性。特征重要性确定45 s和APTT之间的差异、累积肝素剂量和输注速率是主要预测因素。总的来说,这种深度学习模型可以准确预测接受静脉注射肝素的DVT危重患者的未来APTT值,支持ICU中从被动到主动、数据驱动的肝素管理的转变,为患者安全和治疗效果带来潜在益处。
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发热性中性粒细胞减少症对多发性骨髓瘤患者的化疗动员结果有不利影响,并增加淋巴瘤患者移植后感染的风险:真实世界多中心数据Hu Qian, Xinwei Wang, Liping Yang, Juan Peng, Jie Zhao, Shaolong He, Jin Zhao, Jiaqi Guo, Yuekun Fang, Fankai Meng 等
血液科学(英文)2026年 08卷 03期
DOI: 10.1097/BS9.0000000000000298
化疗动员期间发热性中性粒细胞减少症(FN)对CD34收集的确切影响+接受自体干细胞移植(ASCT)的多发性骨髓瘤(MM)和淋巴瘤患者的外周血干细胞和移植后感染仍未得到充分表征。回顾性分析了2010年10月至2024年1月期间接受ASCT的148名诊断为MM和130名淋巴瘤患者的真实世界记录。所有患者均接受粒细胞集落刺激因子(G-CSF)化疗以动员干细胞。使用GraphPad Prism 9进行统计分析(p<0.050).FN与MM患者较差的估计5年总生存率相关(61.0%对84.4%;p=0.002).MM和FN患者需要更大的G-CSF刺激(p<.001),更长的单采时间(p=0.007),并且具有较低的CD34+细胞产量(p<.001).他们还表现出较低的最佳动员率(p<.001)和延迟中性粒细胞(p=0.006)和血小板(p=0.028)植入。在淋巴瘤患者中,FN与延长单采术相关(p=.001),延迟血小板植入(p=0.017),植入前感染的风险增加(p=0.034).化疗动员期间的FN与MM患者较差的长期生存率和干细胞动员受损相关,同时淋巴瘤患者移植前感染的风险增加。