2026年 · 第08卷第02期

逃脱，包括粪肠球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌，和肠杆菌物种。由于其广泛的耐药性和快速进化能力，对全球健康构成重大威胁。本文主张从传统的抗生素战到“生态共同管理”的范式转变，整合了四个创新策略和一个总体框架：（1）使用益生菌、噬菌体和生态位调节的基于微生物组的干预；（2）一个整合了废水监测和人工智能（AI）驱动的管理的“一个健康2.0”框架；(3)进化约束方法，包括抗毒力剂和基于聚类规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)的靶向；（4）代谢途径干预和生物素生物合成抑制等抗代谢物治疗；（5）建立创新抗菌策略的临床转化和风险管理系统。这些多维努力旨在破坏耐药性传播，恢复抗生素敏感性，并通过生态和系统层面的整合促进可持续的病原体控制。

由于2019年冠状病毒疾病（新冠肺炎）的出现和非药物干预措施的实施，季节性流感活动受到干扰。在这项研究中，我们分析了2015年至2023年上海市流感监测系统每周按亚型和年龄组分列的流感样疾病（ILI）病例和流感阳性率。进行了小波分析，以探讨流感的季节模式。平均每周ILI咨询率为每1,000次咨询20.28例ILI病例，173,155份标本中有40,778份（22.63%）流感检测呈阳性。在新冠肺炎疫情期间，直到2021年1月，几乎没有检测到流感病毒。只有B/Victoria流行了约8个月，并于2022年1月达到峰值，阳性率为47.48%，低于新冠肺炎疫情前每年的峰值。2023年，以甲型H1N1流感为主的第一次流行始于第8周（比8年平均水平晚一个月），达到峰值76.89%。第二次流行异常地不是以夏季为基础，由A（H3N2）驱动，从第38周开始，在第48周达到峰值，为75.31%，将冬春季流行提前了大约一个月。在新冠肺炎传播正常化的时代，甲型流感的年龄偏好发生了变化。流感的季节模式在新冠肺炎疫情的不同阶段有很大差异，包括流行病发作、高峰时间、持续时间、周期性和主要菌株的差异。流感季节性变化的稳定性需要长期监测，以及进一步的病毒学和流行病学研究。

重建新发传染病（EID）的早期时空动态对于有效的公共卫生反应至关重要，但由于报告延迟、异构监测系统和神秘的传播链，仍然很困难。这项研究提出了一个面向系统的计算框架，通过三个关键创新来应对这些挑战。首先，我们开发了一个针对有限的早期病例数量身定制的随机传染病模型，该模型基于简化的元群体结构，能够准确重建初始爆发条件，同时保持与现有方法相当的计算效率。其次，我们引入了一种基于矩阵的算法来校准空间元种群模型中的报告延迟。通过利用矩阵操作来同步多个区域的案例报告更新，该方法消除了传统迭代遍历的需要，从而在计算效率方面取得了显著提高，并提高了其在工程应用中的实际效用。第三，利用复杂网络理论，我们使用医学研究委员会全球传染病分析中心（MRC GIDA）的开源算法库开发了一个参数估计框架，实现了人口超过100万的单个城市的估计效率提高了10倍以上。使用涵盖2019年冠状病毒病（新冠肺炎）早期传播场景的模拟网络和经验中国城市交通网络进行的验证表明，所提出的方法大大提高了参数估计效率，同时确保了稳健性和准确性。该框架为快速、高保真地重建流行病动态提供了一个强大的工具，从而能够对未来的突发公共卫生事件做出更明智的反应。

诺卡氏菌病是一种罕见的感染，可造成严重损害或危及生命。然而，中国诺卡氏菌病的流行病学和菌株分布仍不清楚。在本研究中，使用关键词“（’进行了全面的文献检索诺卡氏菌PubMed 和 Web of Science 中的 ' 或 'Nocardiosis') 和 ('China' 或 'Chinese')"，中国国家知识基础设施 (CNKI) 数据库中的 "(Nuokajun) 或 (Nuokajun)"。1990 年 4 月 1 日至 2024 年 9 月 13 日期间所有已发表的诺卡菌病病例均被纳入其中。地理分析表明，病例集中在中国东部沿海地区。患者平均年龄为 52.6 ± 17.4 岁，男性占主导地位（61.0%），50-59 年龄组的负担最高（24.4%）。主要感染部位为肺（69.9%）、皮肤（30.3%）和脑/中枢神经系统（CNS）（19.3%）。播散性感染占所有病例的29.0%，与总体死亡率（9.0%）相比，与显著更高的死亡率（16.1%）相关，强调了早期诊断和治疗的重要性。优势物种是填充诺卡氏菌,乔治亚诺卡氏菌，和巴西诺卡氏菌。大多数分离株仍然对甲氧苄啶—磺胺甲恶唑、阿米卡星和利奈唑胺高度敏感。这项研究建立了一个全国流行病学模式诺卡氏菌中国的感染和菌株分布。与播散性感染相关的风险和死亡率升高需要保持警惕。这强调了提高临床意识的必要性诺卡氏菌感染，并确保及时筛查和治疗。

结核病（TB）疫苗设计依赖于最佳抗原的选择。然而，关于候选抗原的证据分散在文献中，很少与关键的疫苗参数（如免疫应答、抗原组合和佐剂）联系起来。在这里，我们介绍结核分枝杆菌（MTB）-ImmunogenKG，一个用于MTB的来源链接的、以抗原为中心的知识图，其被构建通过优化的信息提取管道，并与大型语言模型（大语言模型）系统集成，以实现知识增强推理。从PubMed索引的超过77,000份出版物中（截至2024年7月），该图整合了涵盖14种实体类型的148万份句子级陈述。在实际应用中，MTB-ImmunogenKG能够对3,154种蛋白质（约占总注释蛋白质的77%）进行矛盾感知抗原分析，并改进了保护功效预测，Matthews相关系数（MCC）增益超过基于序列的工具为0.19，超过仅大语言模型基线为0.45。通过提供片段化发现的可追溯合成，MTB-ImmunogenKG促进了抗原面板的构建和佐剂的配对，从而简化了下一代结核病疫苗的实验设计周期。

世界卫生组织在2022年和2024年宣布mpox为国际关注的突发公共卫生事件，凸显了对快速可靠诊断解决方案的迫切需要。为了应对这一挑战，我们使用杂交瘤技术开发了针对四种mpox病毒（MPXV）抗原（A29L、A35R、H3L和E8L）的单克隆抗体。使用竞争性酶联免疫吸附试验（ELISA）和生物层干涉测定法进行的表位分箱分析确定了不重叠的抗体对（例如，A29L的18F7–27C3和A35R的4E7–6C11），这作为表现出纳克级灵敏度的夹心ELISA测定的基础。这些抗体对表现出高特异性，有效地将MPXV抗原与牛痘病毒、痘苗病毒和天花病毒的同源蛋白区分开来，同时保持对培养的MPXV的反应性。总的来说，这项工作建立了一个强大的免疫诊断平台，具有强大的转化潜力，可用于mpox爆发期间的护理点应用。

自2022年全球mpox爆发以来，由于交叉反应性，缺乏用于mpox病毒（MPXV）检测的特异性抗体阻碍了精确的免疫测定正痘病毒（OPXVs）。本研究开发并表征了两种单克隆抗体（mAb），CML01和CML02，靶向MPXV A35蛋白，一种细胞外病毒体的保守表面抗原。通过酶联免疫吸附试验（ELISA）、蛋白质印迹和间接免疫荧光试验（IFA）进行的交叉反应性评估证实，两种单克隆抗体仅与MPXV A35结合，尽管序列同源性为92.3%–96.1%，但与牛痘（A34）、痘苗（A33）或天花病毒（A36）的同源蛋白没有反应性。IFA显示以半最大有效浓度识别MPXV感染的细胞（EC₅₀)分别为0.15和0.17μg/mL。值得注意的是，使用mAb CML02的基于IFA的微中和测定显示出强相关性（r=0.93,P<0.0001）与传统的菌斑减少中和试验（PRNT）同时实现更高的通量。来自mpox康复患者的血浆验证了该检测方法在检测中和抗体滴度方面的实用性。这些mAb凭借其高特异性解决了MPXV特异性免疫学检测中的关键空白，这防止了与其他OPXV的交叉反应性，并消除了天花疫苗接种诱导的免疫的干扰。这项工作强调了A35作为MPXV特异性免疫的关键表位，并为对抗持续的mpox威胁提供了必要的工具。

黄热病（YF）是由黄热病病毒（YFV）引起的流行病。从历史上看，它已经引起了几次流行病，并继续导致南苏丹和其他地区的死亡。由于其有限的治疗选择、高死亡率和高传播性，YFV被归类为生物安全性3级（BSL-3）病原体。因此，开发一种快速灵敏的YFV检测方法对于流行病的预防和应对非常重要。在此，我们结合了聚类规则间隔短回文重复序列（CRISPR）/CRISPR相关蛋白（Cas）13a系统、逆转录重组酶辅助扩增（RT-RAA）和易于读出、灵敏的增强侧流条（ERASE LFS），建立了一种新的YFV检测方法。使用该方法有效地检测了YFV核糖核酸和传染性YFV 17D颗粒。YFV RNA的RT-RAA-CRISPR-擦除LFS（RCE）测定显示检测灵敏度为10⁰拷贝/μL，与其他五种常见黄病毒未观察到交叉反应。冻干的RCE试剂盒以10的滴度成功检测了加标的人血清样品中的YFV 17D²斑块形成单位（PFU）/mL。此外，使用便携式加热块，优化的 RCE 反应仅需要 35 分钟。我们建立的RCE检测能够快速、灵敏地现场检测YFV，对于医疗保健基础设施不足的资源有限地区具有重要的生物安全意义。